تأسست مدرسة ابن الهيثم الابتدائية بالخبر عام 1374 هـ وكان اسمها الخبر الثانية وكانت مكونة من دورين على مساحة صغيرة ومكونة من ( 12 ) فصلاً من جهة الشمال الغربي ، وكان مديرها في ذلك الوقت الأستاذ / عبدالله بونهية ، وهي من مدارس الحكومة التي بنتها أرامكو حيث تتولى صيانتها والإشراف عليها . وفي عام 1388 هـ أضيف إلى المبنى القديم ستة فصول دراسية ودورة مياه واحدة وما زالت إلى يومنا هذا . وفي عام 1389 هـ تقاعد مدير المدرسة وحل مكانه الأستاذ / عبدالله النافع وفي فترة إدارته تم إزالة المبنى القديم المكون من دورين وانتقل الطلاب ومعلميهم إلى مدرسة الصديق الابتدائية للدراسة فيها حتى إقامة مبنى جديد وذلك عام 1393 هـ وبعد اكتمال المبنى الجديد المكون من ( 37 ) غرفة منها ( 12 ) فصلاً دراسياً ودورتين مياه وذلك عام 1394 هـ عاد المعلمين والطلاب بإدارة الأستاذ / عبدالله النافع إلى المدرسة لإكمال الدراسة فيها والذي تقاعد في نفس العام وتولى إدارتها فيما بعد الأستاذ / محمد أبو سبيت حتى عام 1417 هـ ، الجدير بالذكر أن الدكتور / صالح بن جاسم الدوسري مدير عام التربية والتعليم بالمنطقة الشرقية السابق كان من الطلاب الذين درسوا في المدرسة .ثم تولى إدارة المدرسة الأستاذ / عبداللطيف بن صالح المجيرن حتى عام 1419 هـ وبعد ذلك تولى إدارة المدرسة الأستاذ / نبيل ابراهيم العرفج وبعد ذلك تولى إدارة المدرسة الأستاذ / سعيد بن سعد الغامدي بعد ذلك تولى إدارة المدرسة / الأستاذ حسن بن فايز الشهري وهو المدير الحالي للمدرسة